现代日语的书写系统包括假名、汉字和罗马字。

假名

假名（仮名kana）为日语的表音文字，主要有平假名、片假名和万叶假名、变体假名几种类型。万叶假名现已不再使用，但它是前两者的雏形。

现代日语中平假名与片假名各有46个清音，分别一一对应。除此之外还有浊音、半浊音、拗音和促音等变化。

平假名为汉字草书的变形，片假名为汉字楷书或汉字部首的变形，一般情况下两者有各自的使用范围。

下面是以五十音顺排列的日语假名，其他的排列方式还有伊吕波顺。每个单元格中，左边为平假名，右边为片假名，上方为其罗马字（平文式）。

	a	i	u	e	o
	a あ ア	i あ ア	u あ ア	e あ ア	o あ ア
K	ka か カ	ki き キ	ku く ク	ke け ケ	ko こ コ
S	sa さ サ	shi し シ	su す ス	se せ セ	so そ ソ
T	ta た タ	chi ち チ	tsu つ ツ	te て テ	to と ト
N	na な ナ	ni に ニ	nu ぬ ヌ	ne ね ネ	no の ノ
H	ha は ハ	hi ひ ヒ	fu ふ フ	he へ ヘ	ho ほ ホ
M	ma ま マ	mi み ミ	mu む ム	me め メ	mo も モ
Y	ya や ヤ	-	yu ゆ ユ	-	yo よ ヨ
R	ra ら ラ	ri り リ	ru る ル	re れ レ	ro ろ ロ
W	wa わ ワ	-	-	-	wo(o) を ヲ
	n ん

其中，yi、ye、wi（ゐ、ヰ）、wu、we（ゑ、ヱ）五个假名由于口语的变更已经不使用了。wo（を）的发音和 o（お）完全相同。

五十音中的各假名，都可大致按照各假名对应的平文式罗马字发音；除了ra行不读作/r/反而更靠近/l/之外，应使用英语的拼写读音规律。然而具体的发音亦不完全相同。

浊音和半浊音

浊音主要是在清音的右上角添加两点（゛、点々、濁点、或濁 ら）表示、而ha行假名加上一个圆圈（゜、半濁点、或丸）表示半浊音。

	A	I	U	E	O
G	ga が ガ	gi ぎ ギ	gu ぐ グ	ge げ ゲ	go ご ゴ
Z	za ざ ザ	ji じ ジ	zu ず ズ	ze ぜ ゼ	zo ぞ ゾ
D	da だ ダ	ji ぢ ヂ	zu づ ヅ	de で デ	do ど ド
B	ba ば バ	bi び ビ	bu ぶ ブ	be べ ベ	bo ぼ ボ
P	pa ぱ パ	pi ぴ ピ	pu ぷ プ	pe ぺ ペ	po ぽ ポ
Ng	nga か゚ カ゚	ngi き゚ キ゚	ngu く゚ ク゚	nge け゚ ケ゚	ngo こ゚ コ゚

拗音

日语中使用i列假名加小写ゃ、ゅ、ょ来表示硬腭音，称作拗音（Youon）。

	ya	yu	yo
K	kya きゃ キャ	kya きゅ キュ	kya きょ キョ
S	sha しゃ シャ	shu しゅ シュ	sho しょ ショ
T	cha ちゃ チャ	chu ちゅ チュ	cho ちょ チョ
N	nya にゃ ニャ	nyu にゅ ニュ	nyo にょ ニョ
H	hya ひゃ ヒャ	hyu ひゅ ヒュ	hyo ひょ ヒョ
M	mya みゃ ミャ	myu みゅ ミュ	myo みょ ミョ
R	rya りゃ リャ	ryu りゅ リュ	ryo りょ リョ

	ya	yu	yo
G	gya ぎゃ ギャ	gyu ぎゅ ギュ	gyo ぎょ ギョ
J	ja じゃ ジャ	ju じゅ ジュ	jo じょ ジョ
B	bya びゃ ビャ	byu びゅ ビュ	byo びょ ビョ
P	pya ぴゃ ピャ	pyu ぴゅ ピュ	pyo ぴょ ピョ
Ng	ngya き゚ゃ キ゚ャ	ngyu き゚ゅ キ゚ュ	ngyo き゚ょ キ゚ョ

除此之外，在片假名中，还可以使用其他列的假名加小写 ァ、ィ、ゥ、ェ、ォ、ヮ来表达外国文字读音。

	a	i	u	e	o
Y				ye イェ
Y		wi ウィ		we ウェ	wo ウォ
V	va ヴァ	vi ヴィ	vu ヴ	ve ヴェ	vo ヴォ
S		si スィ
Z		zi ズィ
Sh				she シェ
J				je ジェ
Ch				che チェ
T		ti ティ	tu トゥ
D		di ディ	du ドゥ
Ts	tsa ツァ	tsi ツィ		tse ツェ	tso ツォ
F	fa ファ	fi フィ		fe フェ	fo フォ
Sy			syu スュ
Zy			zyu ズュ
Ty			tyu テュ
Dy			dyu デュ
Fy			fyu フュ		fyo フョ
Vy			vyu ヴュ
Kw	kwa クヮ	kwi クィ		kwe クェ	kwo クォ
Gw	gwa グヮ	gwi グィ		gwe グェ	gwo グォ

注：以前“v”音也曾经在 わ行的片假名上加浊点来表示：ヷ = va，ヸ = vi，ヹ = ve，ヺ = vo，但这种写法现在已经被废止。

促音

使用小体书写的平假名“っ”或片假名“ッ”表示音节突然中断，前一拍的末尾添加后一拍开头的辅音，形成一个促音。促音是一个单独的音节，在念的时候虽然不发音，但是要停顿。

促音通常是中古汉语入声字的残留、在罗马字中则以重复下一字之子音（若无子音、使用h）为表记。例： “日本”=“日”+“本”；“日”=“にち”（nichi）、“本”=“ほん”（hon）。

当把“日”和“本”放在一起念的时候，“日”的后半个音节“ち”（chi）变为促音。由于过去的日语有过p变h的变化，所以“本”的发生半浊音变化，念为“p”。所以“日本”的日文念法由“にちほん”（Nichi-hon）缩简为“にっぽん”（Nippon念Ni.p-po.n）。

长音

日语中有长音，即该假名的母音被拉长为2拍。

使用平假名时，当跟在后面的字母与前一个字母属于同一段时，前面的字母的元音就会变成长音，如お婆さん／おばあさん obaasan（奶奶/姥姥）。另外，“え”段字母的后面的“い”及“お”段字母的后面“う”也用来表明长音，但组合发音应为“ē”、“ō”，而不是“ei”、“ou”。例如警察／けいさつ keisatsu（警察）、少年／しょうねん shounen（少年），ke与sho的元音都要拉长为2拍。

使用片假名时，长音大多使用“ー”来表示（直书时必须直写）。例如：拉麺／ラーメン raamen（拉面）

转写罗马字时，长音可以写作假名对应的字母或直接加上字母h（多用于地名或姓氏），亦或在长元音上加上一个长音符（短横）或扬抑符（尖头）来表示。所以 けいさつ = keisatsu / kehsatsu / kēsatsu / kêsatsu、しょうねん = shounen / shohnen / shōnen / shônen。另外，汉字词中的带 -ng 鼻音韵尾的词，在转为日语词时也多转为长音出现，如 けいさつ (警察)。

要说明的是，日本的一些专用名称，比如东京、大阪、京都，由于它们的名字在英文里已经用了很长时间，所以它们的罗马字的长音一般不特别表示；要表示也只会在字母上方加一个长音符或扬抑符，如，在写罗马字时，とうきょう (東京) = Tokyo / Tōkyō / Tôkyô，但不是 Toukyou / Tohkyoh。同样的道理，おおさか (大阪) = Osaka / Ōsaka / Ôsaka，但不是 Oosaka / Ohsaka；きょうと (京都) = Kyoto / Kyōto / Kyôto，但不是 Kyouto / Kyohto。

拨音

拨音ん、ン (n) 不出现在词头，但要有一拍的发音长度。受其后面音节的影响，其读音也不同。

• 在た行、だ行、ら行、な行的音节前发 /n/ 音，如皆／みんな minna（各位）
• 在ぱ行、ば行、ま行音节前发 /m/ 音，如新聞／しんぶん shinbun（报纸
• 在か行、が行音节前面发 /ŋ/ 音，如電気／でんき denki（电力/电灯）

假名的演变

日本最早出现文字的文物大约是在公元1世纪、那时的日本学者使用汉字来给日语表音、称为“训读”。在这一基础上发展出万叶假名──最早出现在日本最早的诗歌总集《万叶集》中。这种方式借用了汉语的表音功能而舍弃了其结构性，再加上汉语没有词形的活用和缺少助动词，在公元9世纪先后创造以汉字正体为蓝本的片假名和以汉字草体为蓝本的平假名，将日本的文字彻底进化到表记文字的时代。

书写格式与方向

文字符号写成四方形，每个符号（含标点）保有相同的空间大小。

传统日文和古典汉文一样使用纵书（縦书き），从上而下书写，纵行之间由右至左书写。此种书写方式反映在现今的文学体裁和漫画上面。

现代日文使用横书（横书き），从左至右横排书写，写完一行向下换行。

现代日语中，横书和纵书都会使用，但使用纵书的场合较多。由于纵书是传统书写的方法，书法、国语教科书、小说诗歌等文艺作品、报刊的部分版面等，多会沿用纵书，但是使用纵书也不限于传统用途，如漫画、日式个人名片（日语的一面多会纵书、另一面英文的则横书）。横书则用于外语、数学、科学、音乐等类别的书刊，较正式的文本如商业书信、演示稿书、论文等通常几乎都是横书的，这样不仅便于插入西方文字，电脑排版也比较方便。竖排书刊也可能会有些栏目或页面使用横书，以迁就版面设计。